Dois padres jesuítas portugueses, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) e Francisco Garupe (Adam Driver), viajam até o Japão do século XVII, uma época onde o catolicismo foi banido, assim como quase todo o contato externo. A procura do mentor deles, os jesuítas enfrentam a violência e perseguição de um governo que deseja expurgar todas as influências externas.
